استقلال الجامعات شرط لوجودها، وحريتها الأكاديمية هي ضمان بقائها واستمرارها في العطاء والتطور، والتفاعل مع متغيرات العصر ومنجزاته. ويتضمن استقلال الجامعات حريتها في اختيار نظمها، وبرامجها الدراسية، ومجالات البحث العلمي بها، وشركائها في المشروعات البحثية والتعليمية والتنموية، وكذلك حريتها في اختيار قياداتها وأعضاء هيئة التدريس بها. وعلى الرغم من أن الدستور المصري الصادر عام 4102 قد نص في مادتيه 40 و44 على أن الدولة تكفل استقلال الجامعات والمجامع العلمية واللغوية، كما تكفل حرية البحث العلمي وتشجيع مؤسساته، إلا أن غياب استقلال الجامعات والحريات الأكاديمية يرجع في جانب كبير منه إلى ما صدر عن الدولة من تشريعات، ولوائح تنظيمية، وما تشكل من مجالس، وما يجري من تدخلات من خارج الجامعة.

إن إصلاح التعليم الجامعي رهن بتحقيق استقلال الجامعات، وبتوفير الحرية الأكاديمية داخل قاعات الدراسة والبحث، وإطلاق يدها في التعاون وتبادل الخبرات مع نظيراتها من داخل مصر وخارجها دون ريبة أو توجس، أو عراقيل تجاوزها الزمن الذي نعيشه الآن.

ويتطلب ذلك الوفاء بعدد من الشروط الإجرائية التي قد تؤدي إلى تنظيم المجال العام الذي يمكن أن تتحقق فيه الحرية الأكاديمية، من أهمها:

- إصدار تشريع جديد للتعليم الجامعي والعالي - بدلًا من القانون الذي مر عليه أكثر من نصف قرن - تتحقق من خلاله الاستقلالية الفعلية للجامعات، إدارة وتمويل، ويضمن الحرية الأكاديمية في التدريس والبحث العلمي، ويواكب ما حدث ويحدث في مصر من تغيرات، كما يستوعب التغيرات الحادثة في أدوار الجامعة ووظائفها وهياكلها في مجتمع يموج بالثورات المعرفية والتكنولوجية المتلاحقة.

- إعادة النظر في أدوار المجلس الأعلى للجامعات ووظائفه بحيث يتحول من سلطة بيروقراطية مركزية تتحكم في كل شؤون التعليم الجامعي والعالي إلى مجمع للخبراء والمفكرين الذين يتولون استشراف التغيرات المستقبلية في التعليم الجامعي، ورسم الخطوط العامة التي يمكن تسترشد بها الجامعات المصرية في حل مشكلاتها وتطوير برامجها وتجديد هياكلها.

- أن يكون للمؤسسات الجامعية حرية وضع برامجها الدراسية واللوائح الخاصة بها في ضوء المعايير العالمية وبالتعاون مع الجامعات الأجنبية، دون الخضوع لما تطرحه لجان القطاع المختصة من لوائح استرشاديه وتوجيهات أدت إلى غياب التنوع والمنافسة بين الجامعات، وضيقت من حرية الإختيار أمام الطالب